La population canadienne de Balbuzard pêcheur est mieux surveillée par le Relevé des oiseaux nicheurs (BBS), qui échantillonne une proportion modérée de l'aire de répartition de la nidification et dont les tendances d'espèces sont d'une grande précision. La tendance nationale montre une augmentation relativement constante du début des années 1970 au début des années 2010, s'atténuant pour atteindre un plateau au cours des années plus récentes. En général, les taux de croissance de la population ont été similaires dans l'ensemble de l'aire de répartition canadienne de l'espèce. Toutefois, on observe des hausses continues dans le centre et le sud de la Colombie-Britannique ainsi que dans le centre et le sud de l'Ontario et du Québec, et une certaine baisse dans les Maritimes par rapport au pic atteint au milieu des années 1990 dans cette région. Parmi les sites canadiens qui ont contribué à l'indice de population des rapaces depuis au moins le milieu des années 1990, les tendances varient de peu de changement à une augmentation importante dans les sites de l'Ontario, et de diminution modérée à importante au Québec.

L'objectif pour le Balbuzard pêcheur est de rester au niveau ou au-dessus de sa population récente, suivant les données du Relevé des oiseaux nicheurs. La population du Balbuzard pêcheur se situe actuellement dans les limites de son objectif.