Le Relevé des oiseaux nicheurs (BBS) constitue la meilleure source d'information sur l'état de la population de la Paruline à flancs marron au Canada. La fiabilité globale du BBS est considérée comme élevée parce qu'il échantillonne une grande partie de l'aire de reproduction et qu'il est d'une grande précision. La tendance nationale du BBS montre une baisse de plus de 35 % entre le milieu des années 1970 et 2005 environ, suivi une lente remontée depuis, l'abondance actuelle étant 19 % inférieure à celle de 1970, ce qui se situe dans la limite de la catégorie  « peu de changement ». La plupart des régions bénéficiant d'une couverture BBS au moins modérément fiable montrent également peu de changement. On observe toutefois une diminution importante dans le sud de la forêt boréale, compensée par des augmentations importantes dans le centre de la Saskatchewan et dans le sud de l'Ontario et du Québec.

L'objectif pour la Paruline à flancs marron est de maintenir sa population à un niveau égal ou supérieur à celui qu'elle avait au début des années 1970, d'après le Relevé des oiseaux nicheurs. Les données récentes montrent que la population se situe dans les limites de son objectif.