Le Relevé des oiseaux nicheurs (BBS) fournit les meilleures données sur les tendances de la population de Bruants de Lincoln au Canada, bien qu'il n'offre qu'une couverture limitée de la zone boréale et subarctique du Nord, où se reproduit une grande partie de la population ; pour cette raison, la confiance dans la tendance nationale n'est que moyenne. La tendance à long terme montre une augmentation substantielle de la population entre les années 1970 et le milieu des années 1980, suivie de quelques fluctuations mineures autour d'une baisse progressive, mais avec une abondance actuelle toujours 65 % supérieure à celle du début des années 1970. Les tendances régionales reflètent largement l'augmentation importante initiale, mais sont par ailleurs très variables. En Colombie-Britannique et dans les provinces des Prairies, les populations se maintiennent à des niveaux élevées, tandis que dans l'est du Canada, on observe des baisses régulières depuis le milieu des années 1980, qui se traduisent par des diminutions importantes par rapport à 1970 dans le centre et le sud de l'Ontario et du Québec, ainsi que dans les Maritimes.

L'objectif pour la population de Bruant de Lincoln est de se maintenir ou d'augmenter par rapport à sa population moyenne entre les années 1970 et 2022, d'après le Relevé des oiseaux nicheurs. La population de Bruant de Lincoln est actuellement dans les limites de son objectif.