La meilleure source d'information sur l'état de la population de cormorans pélagiques est le Recensement des oiseaux de Noël (RON), car ses tendances sont d'une grande précision, bien qu'il n'échantillonne qu'une proportion intermédiaire de la population. Les données du RON indiquent une diminution modérée à long terme de l'abondance par rapport au début des années 1970, la majeure partie de la baisse s'étant produite dans les années 1990. La population est actuellement inférieure d'un peu plus de 25 % à celle des années 1970. Le Relevé des oiseaux aquatiques côtiers de la Colombie-Britannique montre peu de changement depuis la fin des années 1990, ce qui correspond aux données du RON. Toujours en accord avec le RON, des baisses des populations nicheuses ont été observées dans le Détroit de Georgie, en Colombie-Britannique, entre 1987 et 2000 (Chatwin et al., 2002 dans Hobson, 2013).

L'objectif pour le Cormoran pélagique est d'augmenter la population jusqu'au niveau qu'elle avait au début des années 1970, d'après le Recensement des oiseaux de Noël. Les données sur les tendances montrent que le Cormoran pélagique est actuellement en dessous de son objectif et qu'il continue à baisser. Malgré cela, l'analyse des tendances récentes et des taux de croissance potentiels suggère que le Cormoran pélagique pourrait atteindre son objectif de population d'ici 2050, mais seulement si des mesures de conservation sont prises à temps.