La meilleure source d'information sur l'état de la population de Moucherolle phébi est le Relevé des oiseaux nicheurs (BBS). Sa fiabilité est élevée en raison d'une bonne couverture de son aire de reproduction et d'une précision élevée. La tendance nationale du BBS montre un fort déclin tout au long des années 1970, un léger rebond avec un pic au début des années 1990, puis une nouvelle baisse jusqu'à aujourd'hui, qui mène à une perte cumulée de 57 %. À l'échelle régionale, des baisses ont été observées dans les Prairies, le nord de l'Alberta, les Territoires-du-Nord-Ouest et le sud de la forêt boréale. En revanche, peu de changements ont été observés dans le sud et le centre de l'Ontario et du Québec, ainsi que dans les Maritimes.

L'objectif pour la population de Moucherolle phébi est d'augmenter jusqu'à atteindre le niveau qu'elle avait au début des années 1970, d'après le Relevé des oiseaux nicheurs. Les données montrent que le Moucherolle phébi est actuellement en dessous de son objectif et que sa population continue à baisser. Une analyse tenant compte de la perte historique de population et de la tendance récente suggère qu'il est peu probable que l'objectif puisse être atteint d'ici 2050, de sorte que l'objectif intermédiaire est d'atteindre 80 % de l'objectif d'ici 2050. La réalisation de cet objectif et à terme de l'objectif national pour cette espèce, nécessitera des mesures de conservation ambitieuses.