La meilleure source d'information sur l'état de la population de Bruant à joues marron est le Relevé des oiseaux nicheurs (BBS). Cette méthode est très adaptée à cette espèce, elle échantillonne la majeure partie de l'aire nicheuse et les tendances d'espèces sont d'une grande précision. Les données du BBS indiquent une population relativement stable entre les années 1970 et le milieu des années 1990, une hausse assez importante entre cette date et 2010 environ, et une fluctuation autour d'un nombre relativement stable depuis. Il existe une certaine variabilité régionale dans les tendances, l'augmentation étant plus notable dans le noyau de la population dans le sud des Prairies, et un peu de changement dans la transition Prairies-Parkland et dans le sud de la Colombie-Britannique.

L'objectif pour le Bruant à joues marron est de rester au niveau ou au-dessus de sa population récente, d'après le Relevé des oiseaux nicheurs. Selon les tendances observées, le Bruant à joues marron se trouve actuellement dans son objectif.